BazEkon jest bieżącą, adnotowaną bibliografią zagadnień ekonomicznych i pokrewnych opartą na zawartości wiodących ogólnopolskich periodyków naukowych i gospodarczych oraz naukowych serii wydawniczych uczelni ekonomicznych, wydziałów ekonomicznych i zarządzania uniwersytetów, a także instytucji naukowych również pozarządowych.
W roku 1993 z inicjatywy Akademii Ekonomicznej w Krakowie powstała koncepcja tworzenia baz dziedzinowych indeksujących czasopisma (baza Gospodarka) oraz serie wydawnicze (baza Zeszyty Naukowe, od 2000 Nauki Społeczne) z zakresu nauk ekonomicznych.
Początkowo bazy tworzone były w oparciu o zintegrowany system biblioteczny MAK. W 2003 r. zaczął się proces przenoszenia baz na nową platformę opartą o silnik bazodanowy PostgreSQL. Najpierw uruchomiono interfejs dla czytelnika, następnie w 2005 roku interfejs dla wprowadzającego.
W 2004 roku rozszerzono strukturę bazy o pole Literatura. W polu tym została umieszczona literatura cytowana przez autora. W przypadku bazy Gospodarka literaturę dołączano do rekordów bibliograficznych z czasopism punktowanych. Natomiast w bazie Nauki Społeczne dotyczyło to wszystkich artykułów wprowadzonych od 2004 roku.
W czerwcu 2010 r. po połączeniu baz Gospodarka i Nauki Społeczne powstał BazEkon. To połączenie zapoczątkowało także szereg zmian. W pierwszej kolejności przeobrażeniom uległ wygląd bazy, która została bardziej dostosowana do potrzeb użytkowników. Zmianie uległo również wyszukiwanie, które zostało podzielone na proste – czyli termin oraz zaawansowane – łączenie kilku indeksów (autor, tytuł, słowa kluczowe, źródło, kraj/region, firma/organizacja, język, rok wydania, literatura, termin, dostępne w). Nadal utrzymano możliwość zawężenia wyszukiwania do konkretnej kolekcji: czasopisma lub zeszyty naukowe.
We wrześniu 2010 r. na spotkaniu Konsorcjum Bibliotek Kierunków Ekonomicznych w Polsce, które odbyło się we Wrocławiu, Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie (BG UEK) zaprosiła do współpracy ekonomiczne biblioteki naukowe (Bibliotekę Szkoły Głównej Handlowej, Bibliotekę Główną Akademii Ekonomicznej w Katowicach, Bibliotekę Główną Uniwersytetu Ekonomicznego w Poznaniu, Bibliotekę Główną Uniwersytetu Ekonomicznego we Wrocławiu). Jednym z warunków uczestnictwa było zagwarantowanie przez te biblioteki dostępu do pełnych tekstów artykułów periodyków wydawanych w tych uczelniach oraz dostosowanie pracy w bazie do zasad stosowanych w BG UEK.
Do końca 2010 r. dostęp do bazy BazEkon był kontrolowany poprzez IP. Zainteresowane biblioteki musiały wykupić roczną subskrypcję. Po zakończeniu ostatnich umów subskrypcyjnych udostępniono BazEkon w wolnym dostępie.
Od 2011 roku bazę współtworzą, obok BG UEK, Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego we Wrocławiu, Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego w Poznaniu i Biblioteka Szkoły Głównej Handlowej.
W 2012 roku instytucje, które wyraziły chęć współpracy podpisały umowę – tworząc
Konsorcjum BazEkon, w umowie określono zasady współpracy instytucji – Partnerów Konsorcjum BazEkon. Celem działania Konsorcjum BazEkon jest kontynuowanie i rozwijanie projektów konsorcjum.
Koordynatorem została Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie.
W 2013 roku dołączyły Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego w Katowicach oraz biblioteki wydziałowe Uniwersytetu Szczecińskiego: Biblioteka Ekonomiczna Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania oraz Biblioteka Wydziału Zarządzania i Ekonomiki Usług.
W 2015 roku podpisano umowę o kontynuacji współpracy w zakresie tworzenia bazy BazEkon do 31 października 2018 r.